Учебный центр был образован в 1998 году в качестве структурного подразделения ООО «Центр безопасности информации» – одной из ведущих компаний России, специализирующихся в области информационной безопасности.
Создание Учебного центра явилось логическим продолжением деятельности ООО «Центра безопасности информации» в области защиты конфиденциальной информации и информации, составляющей государственную тайну, в процессе которой накоплен значительный опыт по экспертной оценке каналов утечки информации, проведению специальных проверок и специальных исследований, разработке, производству, поставке, монтажу и наладке средств защиты, а также по проведению аттестации объектов информатизации и сертификационных работ. Кроме того, создание Учебного центра было продиктовано реальной необходимостью удовлетворения образовательных потребностей граждан, общества и государства в области информационной безопасности и защиты государственной тайны.
В августе 2005 года Учебный центр обрел статуc Некоммерческого образовательного учреждения «Учебный центр «ЦБИ» (НОУ «УЦ ЦБИ»). Учредитель – Общество с ограниченной ответственностью «Центр безопасности информации» (ООО «ЦБИ»).
В июле 2015 года Учебный центр переименован в Частное учреждение дополнительного профессионального образования «Учебный центр ЦБИ» (Частное учреждение ДПО «УЦ ЦБИ»).